До 1219 г. в соборе велись еще какие-то работы, так как именно в этом году состоялось «великое священие» храма. В Лаврентьевской летописи, изд. Археографической Комиссией, освящение этой церкви показано под летом 6727: «В лето 6727 освящена бысть церковь Святой Богородицы Рожество в монастыри Великим священьем Епископом Симоном, месяца Сентября в 7-й день на память Святаго мученика Созона при Князи Георгии и сыне его Всеволоде и брату его сущу Ярославу Князю Переславскому, а игуменство держащу Митрофану».

Великий Князь Владимирский, Александр Невский, на возвратном пути из Орды, скончавшийся схимником под именем Алексия, 14 ноября 1263 года, в Городецкой Феодоровской обители.

23 ноября 1263 г. в соборе Богородице-Рождественского монастыря, в юго-западном углу под хорами, был погребен св. князь Александр Ярославич Невский. Отпевание над умершим ознаменовано было чудом, которое передает нам летопись. Когда Митрополит Кирилл (Киевский) стал влагать в руки усопшего прощальную грамоту,— благоверный Князь, как-бы, живой, сам простер руку и принял грамоту от Святителя. 
В 1381 г., мощи св. Князя обретены нетленными, по следующему обстоятельству: В то самое время, как Московский Вел. Князь Димитрий Иоаннович, соединясь с прочими князьями, выступил против ополчений Мамаевых на Куликово поле: однажды среди полночи зажглись сами собой свечи в церкви, где был погребен князь Александр, и два некие святолепные старцы, вышедшие из алтаря, подошли к его гробу и сказали: «Александре! Встань и спаси правнука твоего Димитрия, одолеваемаго иноплеменниками». Александр встал и скрылся вместе с двумя старцами. В следствие такового явления, виденного священнослужителями этой обители, нетленные мощи св. Александра Невского, дотоле находившиеся под спудом, вынуты и положены в раке на вскрытии. 

Богородице-Рождественский монастырь пострадал от пожара 23 мая 1491 г. О нем говорится в рукописном житии св. Александра Невского (оно хранилось в библиотеке Архиерейского Дома) следующее: «В церковь же ту т. е. Рождественскую собрашася (во время пожара) множество иноков и мирских людей со множеством имения, и абие внутрь церкви тоя все выгоре». Далее говорится, как сохранились в это время мощи св. Александра Невского: «Чудотворныя же мощи, на них же аще и бысть видение нечто огненного знамения, но обаче Богом сохранены быша, яко и пелена на гробе обретеся невредима от того огня».
В апреле 1536 года, сгорела половина монастыря.

В 1678 г. собор был распространен с трёх сторон кирпичными пристройками (с западной стороны паперть, с северной и южной палатки) — каменные палаты (не сохр.), из которых в южной помещен был придел во имя Святого Александра Невского, северная вошла в состав главного храма, а западная служила папертью. 
Придел во имя св. Александра Невского, находившийся по правую сторону храма, был прежде не что иное как палатка, построенная Архимандритом Викентием в 1678 году. Из Вкладной книги видно, что храм во имя сего св. Князя был на святых монастырских воротах, где ныне ризница при Христорождественской теплой церкви, и что этот храм построен в 1607 году Ионою Митрополитом Ростовским, на его собственное иждивение. 
Хотя во Вкладной книге нет прямых указаний на то, когда храм во имя св. Александра Невского с св. ворот переведен и присоединен к Рождество—Богородицкой церкви через обращение палатки в придельный храм: но можно со всей вероятностью предположить, что это случилось в первых годах ХѴIII столетия. Эта вероятность основывается на том, что в той же Вкладной книге говорится о позлащении новых иконостасов. Касательно сего на 64-листе этой книги сказано следующее: «1711 года Сентября в день, соборный старец Варлаам Елбузин дал в дом Пресвятыя Богородицы честного и славнаго Рожества и великаго чудотворца Александра Ярославича Невскаго во св. церковь на позлащение новых иконостасов денег пять рублев». Церковь Рождества Пресвятыя Богородицы однопрестольная и с одним иконостасом. Но когда говорится о позлащении новых иконостасов: то следовательно должна быть и другая церковь. А эта другая церковь могла быть не иная, как только придельная во имя св. Александра Невского. 
Когда же вышеозначенная палатка обращена была в придельный храм, тогда на место южной двери пробита была в капитальной стене арка и в ней поставлена гробница св. Александра Невского. В придельный храм устроена особая дверь извне гораздо далее от прежней, к западу.
Пристройки эти, как видно из вкладной монастырской книги, были произведены на сумму, пожертвованную настоятелем монастыря архимандритом Викентием.
Устраивая паперть и палатки около церкви, архимандрит Викентий имел ту цель, чтобы распространить храм; и потому в капитальной стене с западной стороны храма, кроме дверей Великокняжеской постройки, обращенных им тогда же в арку, были сделаны по ту и другую ее сторону еще две небольшие арки. С северной стороны нижний этаж палатки вошел в состав церкви; и потому на место прежней северной двери, в капитальной стене пробита большая арка. Древние узкие окна в церкви и алтарях были заложены кирпичом, и вместо них пробиты новые широкие выше или ниже первых. Оставшиеся между пробитых арок ослабленные части древних стен и внутренние столбы, обремененные накладкой нового верха, трескались и с каждым годом приходили в большую и большую ветхость, так что, наконец, стали грозить падением.
Из Вкладной книги видно, что в 1688 году пожертвованы были Московского большого Успенского Собора Протодиаконом Борисом в паперть этой церкви две большие окончины: слюдяная да стекляная. Таким образом, если в паперти сделаны были большие окна, то без сомнения для единообразия проделаны были такие же окна и в церкви.
Западная дверь Великокняжеской постройки при устроении паперти вынута из капитальной стены храма, с одним рядом белых камней и с резными орнаментами над дверью в полукруглых карнизах (только один потолочный ряд из этих орнаментов остался в храме), и вставлена в паперть даже с той надписью (почерка XII в.) какая существует на камне по правую сторону двери. Надпись эта вырезана вглубь и заключает в себе следующее: «Начало Рожествена монастыря лета 6699».
Во Вкладной книге также сказано, что в 1681 году настоятелем архимандритом Варнавою, собственным иждивением, пристроены были к средней главе новые четыре с железными вызолоченными крестами. Во вкладной книге Владимирского Рождественского монастыря под 1681 и 1689 гг. отмечено, что пять глав соборной церкви, приделов и колокольни были покрыты «черепицею мурамленою и с подзоры». Черепичное покрытие (покрыты зеленой глазурью) на монастырских главах сохранялось до средины XVIII ст.
В последующее время оставлена опять одна глава, покрытая белой жестью. 

В 1683 году в монастыре произошел сильный пожар. Из Вкладной книги видно, что в 1683 году Архимандрит Викентий «построил в дому Пречистыя Богородицы, в соборной церкви после пожара, местные святые образа все, да верхние деисусы, четыре пояса святых икон больших».

Из Вкладной книги 1681 года видно, что мощи св. Благоверного Великого Князя Александра Невского находились в церкви за правым столпом возле стены и в темном месте. Старанием ризничего Дома Святейшего Патриарха Адриана, иеродиакона Боголепа (впоследствии Настоятеля и Архимандрита Рождественского монастыря) устроена была новая серебро-вызолоченная рака. «Ризничий дому его иродиакон Боголеп для мощей Св. Благовернаго В. К. Александра Невскаго устроил сребропозлащенную раку; на устроение ея иродиакон Боголеп употребил собственных своих келейных денег 706 рублей 28 алтын и две деньги, да сверх того Патриархом дано на позлащение ея 50 червонных и другими усердствующими пожертвовано 10 рублей, серебра на 20 рублей и 22 золотых. В новоустроенную сребро-позлащенную раку, по благословению Святейшаго Патриарха, Св. мощи Благовернаго В. К. Александра Невскаго переложены Преосв. Иларионом Митрополитом Суздальским и Леонтием Епископом Тамбовским и поставлены с прежняго темнаго места но новом, близ южных дверей, на возвышении с тремя ступенями, 1 июня 1697 года» (в настоящее время рака находится в собрании ГЭ). 
Когда в эту раку переложены были мощи, тогда они из прежнего темного места перенесены и поставлены на другое более светлое, именно близ южных дверей «на третием степени», как сказано во Вкладной книге. Переложение и перенесение мощей св. Александра Невского последовало 1 июля 1697 г. в царствовании Петра I. 
В церкви были южные двери, и них устроен был катафалк о трех ступенях, и на этом катафалке поставлены были мощи. Чтобы придать этому месту более света, южная снизу дверь вероятно заложена была до пола, а в другую верхнюю ее половину вставлено было окно.

14 июля 1723 г. архимандрит Сергий получил Высочайший указ императора Петра I о перенесении в С.-Петербург мощей св. князя Александра Невского, находившихся с 1381 г. открыто, в церкви Рождества Пресвятой Богородицы. По указу Императора Петра I, в августе 1723 года, Святые мощи были перенесены из Владимирского Рождественского монастыря в С. Петербургский Александровский. 
Владимирские жители не без скорби проводили свою отечественную святыню, и есть в народе предание, что те ворота Рождественского монастыря, через которые вынесены были св. мощи благоверного Князя, с того времена заложены наглухо. Эти ворота находятся с восточной стороны в ограде. Они, действительно, заделаны. 

В 1717 г. в монастыре был сильный пожар. 1 октября 1719 г. в 8 часов ночи во Владимире произошел пожар в «Царицыне слободе подле Земской избы и Гостина двора у вдовы Федосьи Тимофеевой дочери Леонтьевской жены Исаевской». Рождественский монастырь во время этого пожара весь сгорел. 
Эти два сряду бывшие пожары, заметно, были очень значительные. Из той же Вкладной книги видно, что после этих пожаров явились многие жертвователи для Рождественского Монастыря, в числе коих было и Князь Александр Данилович Меньшиков. В первый раз он пожертвовал алтабазную золотую парчу на настоятельские ризы и стихарь; во второй раз после второго пожара, прислал в 1720 г. сто рублей денег. В 1728 г. пожертвованы были деньги 50 р. Капитаном Дрождевым на кровлю монастырской соборной церкви.
Последний пожар был в 1777 году при Владимирском Епископе Иерониме. Московский Митрополит Платон, бывший во Владимире, по истечении 13 лет после этого пожара, именно в 1792 году видел монастырскую Рождественскую церковь еще пустой и иконостас выгоревшим. 
Насколько эти пожары были вредны для церковного здания, определить трудно без исторических данных. Впрочем можно думать, что вследствие пожаров отняты от церкви с южной ее стороны угловые и стенные столбы, бывшие из белого камня, и заменены кирпичными (на северной стороне храма остались четыре столба Великокняжеских времен, верхи коих, впрочем усечены и капители сняты), и что вследствие пожаров фонарь из белого камня обрушился и заменен уже кирпичным. Но после какого именно пожара фонарь и столбы сделаны кирпичные, не известно. 
При пожаре всего более пострадало внутреннее церковное украшение, как то: иконостасы, ризница и проч. За всем тем остались еще в этой церкви некоторые иконы от прежних времен. Так напр. икона св. Александра Невского, данная вкладом, Гостиной сотни, Владимирцем Иваном Степановым в 1690 г. образ знамения Пресвятой Богородицы очень древний, большая икона храмовая Рождества Пресвятой Богородицы тоже древняя. Из надписи видно, что на нее сделана риза серебро-кованная позлащенная в 1736 году.
6 мая 1788 года самостоятельные Владимирская, Переславская и Суздальская епархии были объединены в одну под именем Суздальская. Епископ Виктор переселился из Владимира в Суздаль, и стал называться епископом Суздальским и Владимирским. За ним переместилась и духовная семинария. Рождественский монастырь был упразднен. Во Владимире было учреждено Духовное Правление. До 1797 г. Владимирский архиерейский дом занимал Владимирский генерал-губернатор Заборовский и его канцелярия. 
Церковь во имя св. мученик Фотия и Аникиты была построена из полосового и листового железа, около половины ХѴIII столетия одним из Владимирских граждан, которая в 1800 году, при епископе Викторе, разобрана; находилась она с левой стороны близ церкви Рождества Пресвятой Богородицы. От железной церкви остались и хранились в ризнице писанные на железе два образа: Господа Вседержителя и Благовещения Божией Матери. 

«По правую сторону в церкви близ иконостаса находится гробница, где некогда почивали мощи св. Александра Невского, и устроен во имя его придел. В настоящей церкви и в приделе иконостасы новые, сделанные при Ксенофонте, Епископе Владимирском, в начале XIX столетия. Особенно замечательного украшения в иконостасах нет. Стены совне и внутри храма побеленные. Глава и церковь с пристройками, покрыты белым листовым железом. Крест на главе и небольшой шар под ним, вызолочены чрез огонь. У западных дверей этой церкви, снаружи, по правую сторону, вырезаны вглубь на стене, почерком XIII стол., следующие слова: «Начало Рожествена монастыря лета 6699» (Церковно-историческое описание Владимирских достопамятностей. Сочинение Магистра Иеромонаха Иосафа. 1857.) 
Требовалась капитальная перестройка древнего здания, испорченного временем, пожарами и неискусными строителями, а между тем, достаточных средств, для такой реставрации не было, и древняя Рождествено-Богородицкая церковь стояла «пуста без пения» до 1858 г. 
Император при посещении г. Владимира в августе месяце 1858 года повелел сопровождавшему Его Главноуправляющему путями сообщения и публичными зданиями генерал-адъютанту Чевкину, сообразиться о возможности восстановления в древнем виде церкви Рождества Пресвятой Богородицы в бывшем Рождественском монастыре, в которой покоились мощи преподобного Великого Князя Александра Невского до перенесения их в С.-Петербург. Вслед за этим поручено было Владимирским архитекторам: Губернскому Д. А. Карицкому и епархиальному Н. А. Артлебену составить проект на восстановление храма. Проект этот удостоен Высочайшего одобрения («Высочайше одобрен и во исполнение Монаршей воли приступлено было к работам разобрания старого и сооружение нового храма») и на первый раз Император пожаловал на приведение в исполнение восстановления храма 20 000 руб. В 1862 году, по недостаточности средств, несмотря на многие частные пожертвования, Император снова пожертвовал из собственных сумм еще 20 000 руб. и из Св. Синода пожертвовано 10 000 руб.

«В лето 7377 (1869) июля 22, на память св. Марии Магдалины, в день тезоименитства Ея Императорскаго Величества Благочестивейшей Государыни императрицы Марии Александровны и Ея Императорскаго Высочества Государыни Цесаревны Марии Феодоровны священа бысть церковь Рождества Пресвятыя Богородицы, в бывшем Рождественском монастыре во Владимире, Владимирским архиепископом Антонием. И бысть радость велия в Володимери. Подобным образом записано в летописи мниха Рождествена монастыря Лаврентия первоначальное освящение церкви Рождества Пресвятой Богородицы в 1191 году, созданной великим князем Владимирским Всеволодом III, Димитрием. И действительно, день 22 июля 1869 года надолго останется незабвенным днем для каждаго жителя г. Владимира; в этот день совершившееся здесь событие обрадовало собою весь наш город.
Более шести веков возносились молитвы в храме Рождества Богородицы, наконец опал бе ветхостию этот священный старец в великом сонме древних русских храмов; многих всеобщих бедствий был он свидетелем, много потерпел и на себе сильных потрясений, во дни скорби для всей земли русской. Ныне этот исторический памятник благочестиваго усердия великаго князя Владимирскаго, возсоздан по Высочайшей воле благополучно царствующаго Государя Императора всея России Александра Николаевича, торжественно освящен и под сводами его снова раздаются молитвы к Подателю всех благ – Богу, за Царя, за вся яже во власти суть и за вся христианы; снова приносится искупительная жертва».
В понедельник, 21 числа, в пятом часу по полудни, раздался торжественный благовест и жители Владимира со всех концов города стали стекаться к храму. В 6-м часу, после малой вечерни, архимандритом Митрофаном отправлен был соборне молебен – Параклисис, по окончании которого, архиепископом Антонием совершено было, в сослужении архимандритов и иеромонахов архиерейского дома, всенощное бдение.
Во вторник, 22 июля, в 5 часов утра, звон на колокольне архиерейского дома возвестил об освящении малого придела во имя св. благоверного великого князя Александра Невского, которое и совершено игуменом Вязниковского Благовещенского монастыря Антонием, бывшим экономом архиерейского дома.
В 10-м часу, начался крестный ход из успенского кафедрального собора, в сопровождении архимандрита Боголюбова монастыря Даниила, к церкви Рождества Пресвятой Богородицы; тут несены была священниками: из собора издревле чествуемый Владимирскими гражданами образ Нерукотворенного Спаса, Владимирской Божией Матери и св. иконы благоверных великих князей Георгия, Андрея и Глеба; из Успенского княгинина девичьего монастыря древний образ Господа Вседержителя, с изображением коленопреклоненных перед ним св. Александра Невского и мученика Авраамия, св. мощи которого почивают в храме этого монастыря; из Георгиевской церкви древний образ св. Александра Невского.
Крестный ход встречен был высокопреосвященным Антонием в полном облачении, с четырьмя архимандритами (Ректор духовной семинарии Павел, Суздальского первоклассного Спасо-Евфимиевa монастыря Досифей, бывший инспектор семинарии Аркадий и архимандрит Митрофан.) и избранным духовенством, в преднесении икон Рождества Пресвятой Богородицы, Знамения Божией Матери и св. Александра Невского с частью св. мощей сего угодника. К этому времени прибыл и исправлявший должность губернатора, вице-губернатор, действ. ст. советник Г. Г. Григорьев. К богослужению прибыл из Боголюбова монастыря бывший Владимирский епископ Иустин, проживающий там на покое; преосв. Иустин молился в алтаре, по болезненному положению не участвуя в служении. Когда святые иконы поставлены были на приуготовленные места и высокопреосвященный возвратился в храм, началось само освящение, по уставу, и окончено провозглашением многолетия Государю Императору Александру Николаевичу и Супруге Его Государыне Императрице Марии Александровне, потом Его Императорскому Высочеству Наследнику Цесаревичу Александру Александровичу и Супруге Его Цесаревне и Великой Княгине Марии Феодоровне, всему царствующему дому, святейшему правительствующему синоду, высокопреосвященнейшему Антонию архиепископу Владимирскому и Суздальскому со всей его богоспасаемою паствою, всем послужившим к созиданию и благолепию святого храма, благочестивым тщанием, усердием и приношением, наконец прав. синклиту и всем православным христианам. Этим заключилось освящение храма и началась божественная литургия, перед окончанием коей, произнесено высокопреосвященным архиепископом Антонием слово, приличное торжеству обновления храма. По окончании литургии, по случаю тезоименитства Государыни Императрицы и Государыни Цесаревны совершено было его высокопреосвященством Господу Богу молебствие со всем городским духовенством, в присутствии высших военных и гражданских чинов губернского управления. За тем при пении: «Тебе Бога хвалим», крестный ход возвратился в Успенский собор, при колокольном звоне всех кремлевских церквей.
Здесь неизлишне будет упомянуть, что по распоряжению высокопреосвященного архиепископа Антония, при богослужении употреблены были свящ. сосуды, шитые покровы, крест, евангелие, рипиды, кадила и все другие принадлежности, из хранящихся в ризнице вкладов, благочестивого усердия царей и святителей XVI и XVII века. 

Владимирский Епархиальный Архитектор Артлебен Николай Андреевич, за безмездные десятилетние труды его по возобновлению Рождество-Богородицкой церкви, что при Архиерейском доме, а равно и в поощрение ученых трудов его по части Археологии, 2-го апреля 1870 г. Всемилостивейше пожалован орденом Св. Станислава 2-й степени.

«Кругом идет стена в 484 саж. длины, до 2 саж. вышины, с 4 башнями. Храм из белого камня такой же формы, как и Дмитриевский собор, только белый и с ярко-вызолоченной (через огонь) главой; внутри просто, замечательна рака от мощей Александра Невского и икона Знамения, бывшая у последнего в его походах; затем теплая Христорождественская церковь, выходящая на Большую улицу, просторная и изящная, колокольня шатровая в 18 саж. выстроена в 1654 г., из 8 колоколов в самом большом 300 пуд., среди монастыря разведен сад, правее помещение архиерея (основано в 1749 г.), белокаменное 2-х этажное здание с оригинальной крышей (с 2 возвышениями) и с балконом, выходящим в плодовой сад владыки; левее близ холодного храма 2-х этажный каменный дом викарного; каменные кельи ближе к улице; здесь живет до 12 монахов» (Субботин А.П., 1877 г.).

Из икон были древние, в особенности замечателен по значению и сохранности от позднейших поправок образ Знамения Божией Матери греческого письма, богато украшенный ризою серебряною вызолоченною с эмалью, разноцветными камнями и жемчугом; на полях, с обеих сторон оклада, по два изображения святых, с правой стороны: Георгия и Макария, а с левой: Иакова и Ануфрия. Сим образом благословила Александра Невского крестная мать его пред походом против шведов; потом был этот образ при великом князе до кончины его, а по принесении тела из Городца во Владимир, находился при мощах св. угодника Божия в храме Рождества Пресвятой Богородицы; после перенесения их в С.-Петербург хранился в ризнице, ныне же помещен снова в этом храме, на особо устроенном аналое, пред ракой св. Александра Невского, знаменующею место пребывания здесь мощей сего угодника.
В 1858 году императрица Мария Александровна, обозревая, во время пребывания во Владимире, монастырскую ризницу, обратила особенное внимание на древность иконы Знамения Божией Матери и пожелала иметь список с нее. По распоражению преосвященного епископа Иустина в тоже время исполнена была для Ее Величества точная с иконы копия, иконописцами Троице-Сергиевой лавры. 
С 1866 года пред святым ликом Александра Невского, изображенным наверху раки, в память избавления жизни Государя Императора от руки злодея, 4 апреля, установлено преосв. епископом Феофаном петь акафист св. угоднику, каждый понедельник пред вечерней, что и совершается доныне. Образ св. Александра Невского в схимническом одеянии искусного старого письма в чеканной серебряной ризе; в венце два зеленых камня. На серебряной пластинке наведена чернью надпись вязью: «преподобный князе великий Александр Невский». Образ этот был в средине складней, на створах коих образа св. князей Бориса и Глеба; прежде хранился в ризнице; ныне помещен в соборной Рождество-Богородицкой церкви у северных алтарных дверей, а створы остались в ризнице. 
Образ Александра Невского в княжеском одеянии, в него врезан ковчежец с частью св. мощей его. Образ этот уже позднего письма, после перенесения мощей в Петербург, так как до того времени св. Александр Невский на всех иконах изображался в схиме. 
Образ св. Александра Невского шитый по шелковой материй золотом и серебром; лик святого преподобнический. По сторонам лика по полям вышит золотом вязью тропарь в честь св. князя, а внизу также вязью летопись: «лета 7121-го (1613 г.) приложила сию пелену церкви великого князя Александра Ярославича всея Руси царица Парасковия». Царица Парасковия Михайловна из рода Соловых, вторая супруга царевича Ивана Ивановича, второго сына Ивана Грозного, после насильственного развода постриженная в монастыре на Беле озере, а оттуда переведенная в женский монастырь во Владимир; скончалась она уже в 1620 году, в Московском Ивановском монастыре, а погребена в Вознесенском. Шита ли эта пелена во время нахождения царицы во Владимире, или послана сюда позже из Москвы, в память пребывания здесь, предания не сохранилось. 
В начале XX в. в Рождественской церкви находилась рака святого Александра Невского, с частицей мощей и изображением св. князя на крышке. В сентябре 1920 г. имущество монастыря, в том числе «рака с частицей мощей», было передано в приходскую Троицкую церковь, куда перешел служить последний настоятель Богородице-Рождественского монастыря архим. священноисп. Афанасий (Сахаров). Эта рака 2 октября 1923 г. попала в Успенский собор. В настоящее время частица мощей святого Александра Невского из нее пребывает в Успенском соборе, в другой золоченой раке, на северной стороне центрального нефа.

21 сентября 1991 года, в праздник Рождества Пресвятой Богородицы, совпавший с 800-летием Богородице-Рождественской обители, впервые после семидесятилетнего «вавилонского пленения» состоялся бывший когда-то традиционным крестный ход из Успенского кафедрального собора в Богородице-Рождественский монастырь, где на месте взорванного древнего храма был водружен Поклонный Крест.