Преподобный Стефан был современником и ближайшим собеседником преподобного Сергия Радонежского. Родился и воспитался он в Киеве, принял иночество в Печерской обители, где проводил жизнь в строгом воздержании, непрестанной молитве и полном послушании у старцев. Несколько лет святой Стефан прожил в Киево-Печерском монастыре, все более совершенствуясь в иноческих подвигах. Согласно житию, притеснения папистов заставили его вместе с другими печерскими иноками искать убежища в Москве, где его благосклонно принял великий князь Иван II.
Будучи верным законному митрополиту Киевскому, Стефан поставил себе келью в уделе московского князя в уединённом месте на берегу реки Махрищи, в 35 вёрстах от обители Сергиевой. Желая сохранить безмолвие, Стефан сначала не хотел принимать приходивших к нему, но потом уступил их просьбам и в 1358 году основал обитель.
Ненависть соседних владельцев земли заставила преподобного Стефана удалиться на реку Авнежу, где в 60 верстах от Вологды святой основал другую обитель Св. Троицы.
Дожив до глубокой старости, Стефан принял схиму и скончался в 1406 году.
В 1550 г. были обретены нетленные мощи преподобного, прославившиеся многими чудесами. Одно из них произошло, вероятно, в 1557 г., когда по молитве к преподобному произошло чудесное умножение хлеба на 2000 богомольцев, и остатков собрали столько, что братия питалась еще три месяца.
Житие Стефана написано игуменом (впоследствии епископом Вологодским) Иоасафом по воле митрополита Макария при пособии кратких записок, составленных столетним монахом Серапионом; Иоасафом же составлены описание чудес Стефана и служба ему. В начале XVII века Махрищская обитель, разоренная поляками, была приписана к Сергиевой лавре. Ныне эта обитель является крупным ставропигиальным женским монастырем.
